Římskokatolický kněz.

Vystudoval gymnázium v Chotěboři a poté theologii v Hradci Králové. Roku 1940 byl vysvěcen na kněze.

Prvním působištěm Josefa Toufara byla Zahrádka, malé městečko na Vysočině. Jeho hlavní pracovní náplní bylo vyučování náboženství v několika školách, vyřizování agendy farního úřadu a sloužení bohoslužeb. Mimo to měl vyvinutou sociální vnímavost, často pomáhal potřebným, zejména dětem, a to hmotně, finančně i vlivem. Na konci roku 1945 zde založil místní skupinu Sdružení katolické mládeže. Aktivně se angažoval v Československé straně lidové. Byl velmi kritický vůči komunistům a veřejně před nimi varoval.

Vlivem tlaku komunistů byl roku 1948 přeložen do obce Číhošť. I zde byl mezi obyvateli velmi oblíbený a uznávaný.

Dne 11. prosince 1949 se při dopolední bohoslužbě v číhošťském kostele během Toufarova kázání pohnul kříž na hlavním oltáři. Tuto událost vidělo 20 svědků (sám Toufar nikoliv). Tato událost, známá jako "Číhošťský zázrak", se mezi lidmi rychle rozkřila a začala být šetřena. Dne 28. ledna roku 1950 byl Toufar zatčen a obviněn, že celou věc sám zinscenoval. Při výsleších byl brutálně fyzicky týrán a násilím donucován k nepravdivým výpovědím. Nakonec byl StB nelidsky umučen a poté pohřben tajně ve společném hrobě na hřbitově v Praze-Ďáblicích. Příbuzným byla jeho smrt oznámena až roku 1954.

Pohyb křížku se nepodařilo vysvětlit dodnes: žádný z mechanismů, který StB sestavila či prohlásila za prostředek k pohybování křížkem, podle rekonstrukcí buď nemohl fungovat, nebo by musel být na holém oltáři jasně viditelný.

Pamětní deska Josefu Toufarovi byla odhalena roku 1990 u vchodu do kostela v Číhošti.