Narodil se v 2. října 1927 v České Třebové. Zde navštěvoval reálné gymnázium, kde v roce 1947 maturoval. Dále absolvoval přírodovědeckou fakultu UK v Praze, věnoval se studiu geologie. již v roce 1950 byl ustanoven asistentem tehdejšího geologicko-paleontologickéjho ústavu Karlovy univerzity a o dva roky úspěšně obhájil disertační práci (geologické poměry Polomených hor) a získal doktorát přírodních věd. Od roku 1957 pracoval v ústředním ústavu geologickém v Praze. Zapojil se především do řešení regionálně geologických úkolů, souvisejících s celostátní edici generálních map v měřítku 1 : 200 000. Je autorem regionální geologie ČSSR, ve které se zvláště věnoval  kapitole a sladkovodním terciéru v Českém masivu.  V r. 1964 převzal  vedení rozsáhlého a náročného výzkumného úkolu Výzkum České křídové pánve a jejího podloží a a podílel se také na řešení ochrany pramenů Františkových Lázní a Karlových Varů. Vekou pozornost věnoval vždy kartografickému znázornění geologické situace.

Miroslav Malkovský je autorem řady základních geologických map od velmi podrobných až po přehledná měřítka. Později uplatnil své zkušenosti ve vydavatelské a publikační činnosti a významnou organizátorskou práci na různých funkcích, které zastával v Ústředním ústavu geologickém, kde byl vedoucím významných výzkumných skupiny, náměstkem ředitele, vedl odbor vydavatelství a od roku 1983  až do důchodu zastával funkci vědeckého tajemníka ústavu. Odkazu Miroslava Malkovského se věnuje podrobně např. Věstník Ústředního ústavu geologického v Praze 62, 5, 1987, který u příležitosti jeho šedesátin uvádí na šesti stranách vyčerpávající přehled jeho publikovaných prací. Osmdesátiny Miroslava Malkovského jsou také vzpomenuty ve Zpravodaji České geologické společnosti 5/2007. Miroslav Malkovský bydlel v Říčanech u Prahy zajímal se o dění ve svém rodném městě, odebíral Českotřebovský zpravodaj a je jedním z evidovaných dárců publikací pro naše českotřebovské Městské muzeum např. v roce 1999.